En 1923, Mgr Cloutier, commanda des verrières pour compléter la décoration de la cathédrale L'Assomption de Trois-Rivières et mettre en relief la très grande dévotion mariale. Deux ans plus tard, l'artiste italien Guido Nincheri, diplômé de l'École des beaux-arts de Florence et établi à Montréal depuis peu, commença l'exécution de magnifiques œuvres illustrant "Les litanies de Lorette" dans leur quasi-totalité, soit 38 invocations (deux par verrière) sur 49. Ces verrières, qu'on classera parmi les plus belles au pays, furent installées en 1935 et 1954-1955, sauf celle du jubé, ajoutée en 1967.
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En 1925, Mgr François-Xavier Cloutier établit la desserte de la Congrégation Saint-Patrick; il nomma l'abbé Hervé Trudel comme aumônier de cette communauté de fidèles.
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À la mi-mai 1926, Mgr Cloutier bénit solennellement la chapelle de secours de la mission Sainte-Marguerite bâtie à l'angle des rues Brébeuf et Chanoine-Chamberland et ouverte au culte depuis le dimanche 1er mai 1926. L'une des cloches (cloche de 2 100 livres) de la chapelle de secours, achetées par les paroissiens et bénites par l'évêque auxiliaire de Trois-Rivières, Mgr Alfred-Odilon Comtois, en octobre 1928, était gravée au nom de Françoise, en l'honneur de l'évêque de Trois-Rivières, Mgr François-Xavier Cloutier.
En 1930, à la demande Mgr Cloutier, la Shawinigan Water & Power Co. accepta de céder l'église du lac Ignace, bâtie en 1924, à la mission Saint-Michel-Archange-des-Forges (la paroisse de Saint-Ignace-du-Lac, érigée en 1915, fut supprimée en décembre 1930 pour permettre la construction d'un barrage sur la rivière Mattawin, à la tête du Rapide-Taureau). L'église fut entièrement démontée, transportée et reconstruite sur de nouvelles fondations à côté du nouveau presbytère et en face de la vieille chapelle.
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Le 28 août 1938, Mgr Cloutier bénit la statue de pierre de Notre-Dame sculptée par l'artiste trifluvien Télémaire Auger et qui orne la façade de l'église Notre-Dame-des-Sept-Allégresses de Trois-Rivières.
