Trois-Rivières tire son nom des trois chenaux ou canaux formés à l'embouchure de la rivière Saint-Maurice par l'île De La Potherie et l'île Saint-Quentin, les deux plus grandes îles de l'archipel.Le cap du lieu dit Trois rivières était appelé Métabéroutin ("lieu exposé à tous les vents") par les Algonquins.Le nom de Trois-Rivières, pour désigner l'embouchure de la rivière Saint-Maurice, appelée alors rivière des Trois Rivières, apparut pour la première fois sur une carte du géographe Levasseur en 1601. Nous ignorons de qui vient ce toponyme donné après le passage de Jacques Cartier (1535) et mais avant celui de Samuel de Champlain. On avance souvent le nom de François de Pont-Gravé, mais il est possible que Pierre Chauvin, qui tenta d'établir un poste de traite des fourrures dans la région de Tadoussac, à l'embouchure de la rivière Saguenay, en 1600, en soit l'auteur.
Le cap, du côté est de la rivière, intégré plus tard à la seigneurie du Cap-de-la-Madeleine, porta aussi le nom de cap des Trois-Rivières.
Le nom de Trois-Rivières fut aussi attribué à un gouvernement régional (1665-1764), à un district judiciaire (1792), à un diocèse (1852), à un Collège d'enseignement général et professionnel (Cegep) (1968) et à un Centre hospitalier régional (1997).