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Mais son administration fut un échec. En 1644, elle était déjà quasi acculée à la faillite. Deux membres de l'entourage du gouverneur Charles Huault de Montmagny (1636-1648), Pierre Le Gardeur de Repentigny et Jean-Paul Godefroy, conclurent une entente avec la compagnie le 14 janvier 1645: une nouvelle compagnie, la Compagnie des Habitants (ou Communauté des Habitants), formée de tous les habitants chefs de familles, se fit déléguer le monopole de traite en Nouvelle-France (sauf en Acadie), laissant aux Cent-Associés tous leurs autres droits et privilèges de "seigneurs dominantissimes": propriété du territoire, concession des terres, etc. L'entente fut ratifiée par le roi, à Paris le 6 mars 1645.
La Compagnie de la Nouvelle-France fut dissoute le 24 février 1663. Dès l'année suivante, Louis XIV (roi de 1643 à 1715), conseillé par son ministre Jean-Baptiste Colbert, décida de la remplacer par une nouvelle compagnie: la Compagnies des Indes occidentales, et de rattacher directement la colonie à la Couronne et de l'organiser sur le modèle des provinces françaises, avec intendant, Conseil souverain, etc.
