Le 1er mai 1909, Mgr Cloutier signa le décret d'érection canonique de la paroisse Saint-Philippe. Puis, le 7 novembre suivant, il se rendit inaugurer solennellement la nouvelle église. Le 21 du même mois, nouvelle visite de l'évêque pour la bénédiction d'un carillon de trois cloches fabriquées par la firme Dubuisson, de Paris (France) pour l'église Saint-Philippe de Trois-Rivières. L'une des cloches (cloche la de 1 200 livres) porte le nom de l'évêque et sa devise «Dulcius melle, Fortius leone». Mgr Cloutier revint encore à l'église Saint-Philippe, le 12 mars 1911, pour y bénir les orgues.
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Le 18 août 1912, Mgr François-Xavier Cloutier bénit un carillon de six nouvelles cloches (les cloches actuelles) qui ont été coulées par la fonderie Paccard, d'Annecy-le-Vieux en Haute-Savoie (France), pour la cathédrale L'Assomption de Trois-Rivières. L'une de ces cloches (cloche fa grave (17 346 livres) ou "gros bourdon"), consacrée au Sacré Coeur de Jésus, fut gravée aux noms du pape Pie X et de Mgr F.-X. Cloutier.
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Le 29 juin 1913, Mgr Cloutier assista au dévoilement du monument du Sacré-Coeur de Jésus, à l'angle de la rue Notre-Dame Centre et de la place Pierre-Boucher (rue des Casernes), élevé sur le site de l'ancienne église paroissiale Immaculée-Conception de Trois-Rivières, en présence du délégué apostolique, Mgr Stagni, de l' évêque de Nicolet, Mgr Herman Brunault, de l'abbé Lionel Groulx, professeur au Séminaire de Valleyfield, du maire de Trois-Rivières, le docteur Normand, des bataillons de zouaves de Trois-Rivières et de Sorel, et de la fanfare de l'Union musicale de Trois-Rivières.
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Le 14 septembre 1913, Mgr Cloutier bénit la pierre angulaire de l'église Sainte-Cécile de Trois-Rivières. En 1914, Mgr Cloutier effectua un voyage ad limina à Rome. Mgr Hermyle Baril fut nommé administrateur du diocèse en l'absence de l'évêque; c'est ce dernier qui inaugura l'église Sainte-Cécile de Trois-Rivières le 12 juillet 1914.
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Le 8 décembre 1914, Mgr Cloutier inaugura l'église de la nouvelle paroisse Notre-Dame-des-Sept-Allégresses de Trois-Rivières, à l'angle des rues Saint-Maurice (boulevard du Saint-Maurice, depuis le 20 septembre 2004) et Saint-François-Xavier.
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