En 1861, une loi obligea les hôpitaux à aménager une salle spécialement pour les variolés. À Trois-Rivières cela se traduisit par la passation d'un contrat entre le conseil municipal et un médecin qui devait procéder à des séances mensuelles de vaccination. Par contre, ce fut en vain que certains Trifluviens réclamèrent l'établissement d'un hôpital pour les marins en transit et les malades contagieux. En 1872, une série d'épidémies de variole, de choléra, de scarlatine et de diphtérie se répandirent à travers toute la province. En 1885, la contagion de la variole était devenue dramatique: on dénombra 5 864 décès au Québec, dont un grand nombre d'enfants. Le Conseil municipal de Trois-Rivières fit alors appel aux Sœurs de la Providence pour mettre sur pied un hôpital civique: l'Hôpital temporaire pour varioleux à Trois-Rivières, ce qui fut fait la même année (1885).
Successeur de Talon, Claude de Boutroue d'Aubigny fut intendant de la Nouvelle-France durant …