Jean-Paul Godefroy était le cousin des frères Jean Godefroy de Linctot et Thomas Godefroy de Normanville. D'origine normande, tous trois furent interprètes de Samuel de Champlain.
Jean-Paul Godefroy naquit en 1602. Son père, installé à Paris, était fonctionnaire de l'administration royale et fut l'un des Cent-Associés en 1627.
Jean-Paul Godefroy s'engagea comme simple matelot à bord d'un des vaisseaux de Champlain. Il était à Québec en 1623. Navigateur expérimenté, il eut des commandements sur des navires qui partaient chaque année de Québec.
Le 3 décembre 1633, son cousin Jean Godefroy de Linctot reçut une seigneurie à Trois-Rivières: le fief Godefroy, et s'y établit, ainsi que son frère Thomas et, plus tard, Jean-Paul.
En 1636, on le retrouvait commis de traite à Trois-Rivières. Puis, en 1644, il fut délégué en France avec Pierre Le Gardeur de Repentigny pour demander des changements au monopole de la traite des fourrures. La Compagnie de la Nouvelle-France détenait légalement le monopole des fourrures au Canada depuis 1627. Mais en 1644, elle était quasi acculée à la faillite. Le Gardeur de Repentigny et Godefroy conclurent une entente avec la compagnie le 14 janvier 1645: une nouvelle compagnie, la Compagnie des Habitants (ou Communauté des Habitants), formée de tous les habitants chefs de familles, se fit déléguer le monopole de traite en Nouvelle-France (sauf en Acadie), laissant aux Cent-Associés tous leurs autres droits et privilèges de "seigneurs dominantissimes": propriété du territoire, concession des terres, etc. L'entente fut ratifiée par le roi, à Paris le 6 mars 1645. Les actionnaires furent divisés en trois classes: "les principaux et plus considérables", "les médiocres" et "le commun du reste des habitants".
En 1651, Jean-Paul Godefroy se rendit à Boston afin de conclure une alliance politique avec les Anglais dans le but d'empêcher les Iroquois de continuer de saccager le pays. L'entente n'eut pas lieu, les Bostonnais refusèrent. Découragé par cet échec, il passa en France en 1653 avec sa femme, Marie Le Gardeur de Repentigny. Leur fille Charlotte, née en 1650, prit le voile chez les Ursulines et mourut à Québec en 1720.
La Compagnie des Habitants disparut en 1664, peu après la dissolution de la Compagnie de la Nouvelle-France le 24 février 1663.
