La seigneurie du Cap-de-la-Madeleine fut érigée le 20 mars 1651. Elle fut concédée aux Jésuites par Jacques de La Ferté, abbé de Sainte-Marie-Madeleine de Châteaudun, chanoine de la Sainte-Chapelle de Paris et aumônier du roi Louis XIII à même sa seigneurie de La Madeleine et aux mêmes conditions qu'il l'avait reçue. Elle avait alors 282 240 arpents de supeficie, soit 2 lieues de front sur 20 lieues de profondeur. Le père jésuite Jacques Buteux qui, le premier, tenta de recruter des colons dans la seigneurie de La Madeleine en 1649, est considéré comme le fondateur de Cap-de-la- Madeleine.
Encore inoccupée en 1645, la seigneurie de La Madeleine connut sa première distribution de titres en 1649 alors que les Jésuites, agissant alors au nom de l'abbé de La Madeleine, commencèrent à recruter des colons. Puis, le 20 mars 1651, l'abbé Jacques de La Ferté de La Madeleine en concéda aux Jésuites une partie de 2 lieues (10 Km) de front sur 20 lieues (98 Km) de profondeur pour former la seigneurie du Cap-de-la-Madeleine. En 1663, la seigneurie comptait 41 terres.
Entre-temps, quatre arrières-fiefs avaient aussi été concédés:
- le fief de l'Arbre-à-la-Croix ou arrière-fief Hertel de 7 056 arpents de superficie (entre Batiscan et la seigneurie du Cap-de-la-Madeleine, aujourd'hui dans la municipalité de Champlain), à Jacques Hertel en 1644;
- le fief de Prairies-Marsolet (une partie de cet arrière-fief fut annexée à Saint-Maurice en 1853) à Nicolas Marsolet en 1644;
- le fief Du Hérisson de 2 688 arpents à Michel LeNeuf du Hérisson en 1646;
- le fief Préville de 7 056 arpents à Michel LeNeuf de La Vallière (âgé de 5 ½ ans, né en octobre 1640) le 12 mai 1646.
Puis, le 9 mars 1656, un autre arrière-fief fut concédé à Pierre Boucher, gouverneur de Trois-Rivières. C'est dans ce fief Sainte-Marie de 672 arpents (dans l'actuel secteur Sainte-Marthe-du-Cap) que se retira Boucher l'année suivante. La chapelle Sainte-Marie-Madeleine construite par Boucher en 1659 fut transportée à la rivière Faverel (surnommée aujourd'hui ruisseau du Sanctuaire), sur un domaine des Jésuites, en 1661. Deux ans plus tard, le fort Sainte-Marie était bâti à un quart de lieue (21 arpents) de la rivière Faverel. Bourg avec bastion, le fort était une petite agglomération d'une vingtaine de personnes (environ trois familles), et comprenait divers bâtiments dont une maison dite «L'Ermitage».De leur côté, les Jésuites avaient trois domaines dans leur seigneurie du Cap-de-la-Madeleine: un de 11 arpents sur 40 et deux plus importants: le village du fort du moulin à vent et le village du fort Saint-François.Le fort du Moulin-à-Vent, de 4 arpents de front sur 40 arpents de profondeur, à l'embouchure de la rivière Saint-Maurice, vis-à-vis de l'île aux Cochons (île De La Potherie), était, en 1666, un tout petit hameau de trois emplacements et d'une dizaine de personnes, enclos de pieux et où était bâti un moulin à vent.Le fort Saint-François (appelé plus tard « village du Cap »), de 4½ arpents sur 40, sur la rivière Faverel, au centre de la seigneurie (entre le fleuve et les actuelles rues Saint-Maurice, Notre-Dame et du Moulin, dans les environs de la basilique et du sanctuaire Notre-Dame-du-Cap), était, en 1666, un petit bourg enclos de pieux de 8 pieds de hauteur avec quelques bâtiments, dont:
- la résidence des Jésuites,
- une chapelle de 20 pieds carrés (l'ancienne chapelle Sainte-Marie-Madeleine, bâti par Pierre Boucher dans son arrière-fief Sainte-Marie puis transportée à la rivière Faverel),
- un hôpital (l'hôpital Notre-Dame- de-la-Pitié),
- un cimetière, et
- un moulin à eau construit en 1665.
En 1666, il n'existait au Canada que trois villages en dehors de la région de Québec et tous trois étaient situés dans la seigneurie du Cap-de-la-Madeleine:
- le village du fort Saint-François,
- le village du fort Sainte-Marie, et
- le village du fort du Moulin-à-Vent.
Pendant des années, la sécurité des colons ne put être assurée qu'à l'intérieur de ces refuges palissadés et il arrivait même que ces refuges ne suffisaient pas. L'un des forts du Cap-de-la-Madeleine fut lui-même incendié par les Iroquois en 1654. Les Iroquois arrivaient par la rivière Richelieu et Trois-Rivières se trouvait tout de suite sur la ligne d'attaque.
