Vicaire-général du diocèse de Québec (1832-1852) et curé de Trois-Rivières (1835-1859), Mgr Thomas Cooke (1792-1870) fut le 1ee évêque du diocèse de Trois-Rivières, de 1852 à 1870. Il fut sacré dans l'église paroissiale Immaculée-Conception de Trois-Rivières par Mgr Pierre-Flavien Turgeon, évêque de Québec, assisté de Mgr Ignace Bourget, évêque de Montréal.
Sa dépouille mortelle fut d'abord inhumée dans la cathédrale L'Assomption de Trois-Rivières, dans la crypte devant l'autel de la chapelle Saint-Thomas; puis, en 1966, elle fut exhumée et transportée (avec les corps de trois autres évêques de Trois-Rivières) dans le mausolée en béton, avec chapelle attenante, construit l'année précédente dans le cimetière Saint-Michel de Trois-Rivières.
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La Société d'éducation de Trois-Rivières connaissait une situation financière difficile quand, le 3 novembre 1838, le vicaire-général et curé de Trois-Rivières, Thomas Cooke, en fut élu président.
Les lois scolaires de 1841 et 1845 remettaient l'administration des écoles entre les mains d'organismes qui devaient assurer une partie de leur financement à même le revenu des impôts fonciers. Très rapidement, la Société d'éducation céda la place à une commission scolaire qui garantit la survie de l'école Sainte-Ursule en même temps que l'établissement de quelques autres écoles publiques.
Mais le faible taux de fréquentation scolaire et, plus encore, la piètre qualité de l'enseignement préoccupaient passablement les autorités locales, en particulier le curé Thomas Cooke. En 1844, il fit donc appel aux Frères des Écoles chrétiennes. Cet institut, fondé en France par l'abbé Jean-Baptiste de la Salle (1651-1719) et entièrement voué à l'éducation de la jeunesse, était en fait une véritable pépinière de maîtres d'école. Arrivés à Montréal en 1837, les Frères des Écoles chrétiennes jouissaient d'une excellente réputation dans l'enseignement et avaient déjà contribué à rehausser le prestige de la profession d'instituteur. De plus, contrairement aux Frères Charon, ils ne connaissaient aucun problème de recrutement.
Le frère Aidant, visiteur provincial de l'Institut des Frères des Écoles chrétiennes, envoya trois frères pour prendre charge de l'école Sainte-Ursule de Trois-Rivières: les frères Gélisaire, Basil et Luke. Dès la rentrée scolaire, le 4 octobre 1844, l'établissement comptait 280 élèves distribués en trois classes, soit près de 100 élèves par classe. Le 21 décembre suivant, le curé Cooke écrivait au supérieur général des Frères: "Il n'y a pas trois mois que l'école est ouverte et déjà on ne reconnaît plus les enfants tant ils sont changés. Ils sont devenus pacifiques, pieux, amateurs de l'étude".
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Le 8 juin 1852 fut érigé le diocèse de Trois-Rivières. Le grand-vicaire Thomas Cooke, curé de Trois-Rivières depuis 1835, fut alors choisi comme premier évêque. Le 16 mars 1854 - Mgr Cooke publia une lettre pastorale dans laquelle il invitait ses diocésains à contribuer financièrement à la construction de l'église-cathédrale. Puis, le 14 septembre suivant, il procéda à la bénédiction de la pierre angulaire qui marquait le début de la construction de l'édifice à l'angle des rues Bonaventure et Royale.
Mais le projet - une œuvre gigantesque pour l'époque - ne faisait pas l'unanimité et plusieurs membres du clergé s'opposaient à la dépense. Le manque d'argent retarda continuellement l'achèvement des travaux et, durant un temps, le pauvre évêque craignit d'être acculé à la faillite. C'est alors qu'il fit appel à l'abbé Louis-François Laflèche (1818-1898), administrateur énergique et comptable rigoureux. Le 5 décembre 1856, Mgr Cooke envoya une circulaire à son clergé mettant en vigueur la stricte obligation d'un décret de la Propagande de Rome au sujet du Dixième, c'est-à-dire une redevance d'un dixième de leurs revenus ecclésiastiques que les prêtres devaient payer pour le soutien de l'Évêché.
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Le 1er juin 1868, peu après l'ouverture du nouveau cimetière paroissial (Saint-Louis), les Ursulines présentèrent une requête à l'évêque de Trois-Rivières, Mgr Thomas Cooke, et au juge Antoine Polette, de la Cour supérieure, afin qu'ils autorisassent la fermeture officielle du cimetière des pauvres et l'exhumation des corps et ossements pour les transporter dans le cimetière Saint-Louis. La requête fut acceptée.
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Le 20 novembre 1892, le successeur de Mgr Cooke, Mgr Louis-François Laflèche, bénit trois nouvelles cloches coulées par la fonderie Mears & Stainbank en Angleterre pour la cathédrale L'Assomption de Trois-Rivières. L'une de ces cloches (cloche la, de 1 198 livres) fut gravée au nom de Mgr Cooke. Ces cloches sont maintenant installées à l'église de Sainte-Thècle.
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En 1904, après les travaux d'agrandissement et de parachèvement de la cathédrale L'Assomption de Trois-Rivières, l'une des chapelles entourant le chœur fut nommée Saint-Thomas pour rappeler la mémoire de Mgr Cooke dont la dépouille mortelle était inhumée depuis 1870 dans la crypte devant l'autel de la chapelle.
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Le 1er août 1949, durant des travaux à la cathédrale L'Assomption de Trois-Rivières, on remplaça la pierre angulaire qui renfermait, encore intacts, les documents déposés par Mgr Cooke en 1854. L'opération, appelée "mise à jour de la pierre angulaire", se déroula en présence de Mgr Paul-Émile Doyon, vicaire général.
