Successeur de Mgr Louis-François Laflèche, Mgr François-Xavier Cloutier (1858-1934) fut le 3e évêque du diocèse de Trois-Rivières, de 1899 à 1934. Son corps fut d'abord inhumé dans la cathédrale L'Assomption de Trois-Rivières. En 1966, il fut exhumé et transporté (avec les corps de trois autres évêques de Trois-Rivières) dans le mausolée en béton, avec chapelle attenante, construit l'année précédente dans le cimetière Saint-Michel de Trois-Rivières.
Avant d'être nommé évêque, le chanoine François-Xavier Cloutier fut curé de la paroisse Immaculée-Conception de Trois-Rivières de 1884 à 1899.
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En 1901, Mgr Cloutier fit restaurer l'église paroissiale Immaculée-Conception de Trois-Rivières. Cette année-là, on y installa un orgue et un système de chauffage à l'eau chaude, et l'éclairage électrique remplaça les lampes à l'huile.
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Le 23 juin 1908 à 3 heures du matin, l'évêque de Trois-Rivières, Mgr François-Xavier Cloutier, était de retour de Québec. À sa descente du train, il fut soulagé de constater que les rumeurs qui couraient dans la capitale étaient fausses: ni la cathédrale, ni le palais épiscopal, ni le couvent des Filles de Jésus et leur Jardin de l'Enfance (maison Des chenaux dite manoir De Tonnancour) n'avaient été détruits par le grand incendie de Trois-Rivières, la veille.
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Le 15 novembre 1908, Mgr François-Xavier Cloutier bénit la pierre angulaire de l'église Saint-Philippe de Trois-Rivières, pierre angulaire qui était celle de l'ancienne église paroissiale Immaculée-Conception de Trois-Rivières (qui avait été posée solennellement le 11 juillet 1710 par l'intendant Antoine-Denys de Raudot), incendiée quelques mois plus tôt, et qui avait été retrouvée dans les ruines le 31 octobre 1908. La plaque de plomb gravée fut remplacée par une nouvelle portant l'inscription en latin:
"Année du Seigneur Mil neuf cent huit, sous le glorieux pontificat de Pie X,
François-Xavier Cloutier étant évêque des Trois-Rivières et Édouard VII, roi
de l'Empire britannique. Cette pierre fut d'abord placée le onze juillet 1710
dans les fondements de l'église paroissiale de l'Immaculée-Conception qui a
été détruite dans un incendie le 22 juin 1908. Elle a reçu une nouvelle
bénédiction liturgique et elle a été placée dans les fondements de l'église
Saint-Philippe des Trois-Rivières par Monseigneur l'évêque, le 15
novembre 1908".
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